微生物是生态系统的重要组成部分，直接或间接地参与所有的生态过程。微生物生态学是基于微生物群体的科学，利用微生物群体DNA/RNA等标志物，重点研究微生物群落构建、组成演变、多样性及其与环境的关系，在生态学理论的指导和反复模型拟合下由统计分析得出具有普遍意义的结论。其研究范围从基因尺度到全球尺度。分子生物学技术的发展，使人们可以直接从基因水平上考查其多样性，从而使得对微生物空间分布格局及其成因的深入研究成为可能。进而可以从方法学探讨微生物生物多样性、分布格局、影响机制及其对全球变化的响应等。在微生物生态学研究中，群落构建与演化、分布特征（含植物-微生物相互关系）、执行群体功能的机理（生物地球化学循环等）、对环境变化的响应与反馈机理是今后需要关注的重点领域。本文概述了微生物生态学的概念，并初步提出其理论框架，在对比宏观生态学基础理论和模型的基础上，分析微生物多样性的研究内容、研究方法和群落构建的理论机制，展望了今后研究的重点领域。
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