土木工程系由厦门大学萨本栋校长于1937年亲自创建并兼任首任系主任，曾于1938～1953年招生，培养了一批杰出的土木工程专业人才，如我国著名岩土工程专家、1943届校友曾国熙教授，随机结构动力学国际著名学者、美国工程院院士、1946届校友林幼_先生，中国工程勘察设计大师、1947届校友吴自迪先生等。
1953年由于全国院校大调整，厦门大学土木工程系内迁到浙江大学、华东水利学院等兄弟院校。1999年学校申请并经教育部批准，恢复了该土木工程专业，2003年获“结构工程”硕士学位授权点，2004年复办土木工程系，2005年获得“土木工程”、“力学”两个一级学科硕士学位授予权并获得建筑与土建学科工程硕士学位授权点。 2014年申请并通过了住房城乡建设部高等教育土木工程专业评估。
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