目前人工栽培的双孢蘑菇依据子实体颜色可分为白色、棕色和奶白色三个品系。白色品系因颇受市场欢迎，因此在世界各国广泛栽培。近年来，由于新的棕色品种菇味浓厚而栽培面积有所增加。依据菌丝在琼脂培养基上的生长形态特征又可将双孢蘑菇品种分为气生型和贴生型两类。这两类品种各有优点，所以近年来的新品种多数是气生型和贴生型的杂交型品种。
目前国际上常用的品种主要是Sylvan、Amycel和Le Lion三大菌种公司的品种，如Sylvan公司的A12、A15、Amycel公司的2100等。
我国目前主要的品种是福建轻工研究所育成的As2796、As3003、闽1号，以及前几年使用的蘑菇176、浙农1号等。此外，有一些公司、企业从国外引进供自己使用的一些品种，如F56、F62。
由于双孢蘑菇特殊的次级同宗配合生物史的特性，使得双孢蘑菇的育种工作，特别是杂交育种工作非常困难。因此，培养新的具有遗传多样性的优良品种是世界双孢蘑菇育种工作者的紧迫任务。
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