使用protel99se往PCB文件里面导入网络表，为什么有的封装两端有飞线连接，有的没有？

你说的是因为原理图库里面元件的管脚号和pcb库里对应的焊盘号不一致造成的。
举个例子，普通二极管在原理图库里面pin number是1和2，对应在库pcb库里对应DIODE-0.4的焊盘的Designator是A和K,这时在pcb图里是可以有对应的元件，但是没有飞线，也就是说不显示对应的网络标号。
这时你要修改原理图库里面的pin number 和pcb库里的Designator保持一致或者修改pcb库里面的Designator和原理图库里的元件的pin number 保持一致。
有什么问题不懂的再问。把你的图发给我，我可以帮你看下是不是这个原因

没有飞线连接的应该是pin没有连接吧..
网络表应该也没有这个pin号的...

问题补充：
我怀疑可能是我电脑或者是protel软件的问题，因为在别人机器上导出的网络表所有的期间两端都有连线，要是软件问题的话应该怎么办呢?(我重新安装过了，还是不行。)

有的封装有，有的封装没，感觉软件问题可能性不大大。。。
首先你先确认，封装没有的pin脚在网络表上有没有联接的，如果网络表也没有，就可以排除网络表到pcb的异常，然后再确认网络的来源是否正确？

在导入PCB之前你应该对自己的原理图进行ERC检查，在Tools里，好像是的，在原理图错误的地方会有红叉，表明此处有错误，一般都是没连接好或者网络重名，修改之后再ERC检查直至没错误，然后再导PCB就不会出现逆所谓的飞线有的有有的没了

你看一下是不是没有飞线的是否是飞线被隐藏了，执行View-connections-shouAII