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发票金额比实际付款金额少的话会计处理有以下几个方面：1、以实际发票金额入账，差额部分挂往来科目，等补发票回来以后再冲减，如购货会计分录如下：借：库存商品预付账款贷：银行存款2、如果补不回发票，那么差额也没有办法处理，只能挂往来暂时不处理，以后再作为坏账准备进行处理。
