合同是有效的。只要双方协商一致，没有违反国家法律，无论以后发生什么纠纷，合同都已经生效。
关于此纠纷，应分以下几种情况讨论：
一、假如B厂的交货，符合了A厂的样本但不符合国家或行业标准的话，B厂仍然违约，A厂有权要求退货。
二、假如B厂的交货，符合了国家或行业的标准，但A厂仍然说和样本不符的话，那么一般需要找专门的鉴定部门去鉴定是否和样本不符。若是，则A厂可以要求退货，鉴定费用由B厂支付；如果不是，则A厂无权要求退货，还需要支付价金及延迟履行的违约金、价金利息等，并支付鉴定费。
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