我想与公司解除劳动合同的赔偿

主要就是经济补偿金，一个月的工资。另外问一下，单位有没有给你办理相关社会保险呢？如果没有办理，你可以要求单位补办相关社会保险。

这是劳动部《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》的相关规定

第五条 经劳动合同当事人协商一致，由用人单位解除劳动合同的，用人单位应根据劳动者在本单位工作年限，每满一年发给相当于一个月工资的经济补偿金，最多不超过十二个月。工作时间不满一年的按一年的标准发给经济补偿金。
第八条 劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使原劳动合同无法履行，经当事人协商不能就变更劳动合同达成协议，由用人单位解除劳动合同的，用人单位按劳动者在本单位工作的年限，工作时间每满一年发给相当于一个月工资的经济补偿金。

你档案不在单位，不代表该劳动合同无效。
至于你说的的违约制裁条款是否有效，建议你在当劳动部门问一下，实践中各地对劳动者解除合同对单位的赔偿有不同的规定，有的地方规定不赔，有的地方规定不得超过一年的工资。
如果此约定不违反当地的规定，恐怕就是有效的了。虽然说你因档案不在单位可以自行离去单位无法控制。但单位如果想主张违约金还是可以提起劳动仲裁的，提不提就由单位自己决定了。