首先来源不同
造血干细胞一般来自骨髓、外周血和脐血；间充质干细胞有三个主要来源：骨髓、脂肪组织、婴儿出生时娩出的胎盘组织，其中，以胎盘中存量最多。
第二两者的可分化的方向不同
造血干细胞一般来讲只会分化为血细胞；间充质干细胞能诱导分化形成多种组织细胞，譬如骨细胞、软骨细胞、肌肉细胞、脂肪细胞和神经细胞等，而一般成体干细胞只能分化形成一种细胞。所以，间充质干细胞也被称为“多能”干细胞。
第三两者的特性及用途不同
目前来讲，脐带间充质干细胞的免疫原性要比造血干细胞的低。
造血干细胞移植广泛应用于血液系统疾病以及自身免疫疾病，在其它实体瘤的治疗中，比如淋巴瘤，生殖细胞瘤，乳腺癌，小细胞肺癌，主要应用于常规治疗失败或复发难治以及具有不良预后因素的患者。脐带间充质干细胞具有较强的免疫调节作用，促进造血恢复功能，修复损伤或病变的组织器官。
因为间充质干细胞能够分化形成多种不同细胞，其未来在干细胞治疗和再生医学领域中的应用范围更为广阔。
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