员工在公司的借款已经从工资里面扣清，公司拒绝归还员工写的借条，你只要把扣款的工资单原件留着做证据，劳动仲裁委员会是会受理的，单位是怕你拿走借条，然后拿着扣款的工资单，去上告单位无故扣除职工工资，这样单位又把借条还你了，这样单位就空口无凭了。
借款已经归还的前提下，借条应该及时归还借款者，这是最起码的常识和义务。应该及时与公司协商和沟通，如果不能达成一致，只能申请劳动仲裁。
保留还款证据！劳动仲裁不确定，可以咨询下，只要凭证在手就不怕
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