抗原是被免疫系统看作异体，因此引起免疫反应的分子。
最常见的抗原分子是长的蛋白质。一般抗原分子沾浮在侵入体内微生物的细胞膜上。一旦抗原被发现，身体会加强生产抗体，免疫系统的细胞会増生，身体发动免疫反应来抵抗入侵物。
人的细胞膜上也有抗原分子。每个人的抗原分子都不相同，因此将一个人的血液或器官移植到另一个人身上往往会引起免疫反应。因此输血或器官移植前必须首先试验会不会引起免疫反应。有时免疫系统必须被压迫。
抗原也是引起过敏的原因。
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