制冷系统有直冷式、风冷式。直冷式是指蒸发器使用排管式蒸发器，它安装在库内内壁上，结构简单，除霜方便，一般不用修理。当制冷机工作时，靠近蒸发器排管的空气被冷却，使周围温度下降，被冷却的冷空气因比重较大而随之自然下沉，与旁边的热空气自然形成对流循环，逐步达到对空间的冷却。
风冷式就是对空气实施强迫对流，通过蒸发器达到冷却的效果。这种蒸发器配有强迫空气循环风机，吹出的空气以2～5米/秒的流速掠过蒸发器表面，强制空气流动，以提高蒸发器的传热系数。空气强迫对流比自然对流的传热性能好得多，因而使制冷速度加快。
直冷式制冷，空气循环量小，湿度大；而风冷式制冷，空气循环量大，湿度低。金针菇栽培生产，不管是发菌阶段，还是出菇阶段，都需要整个菇房中空气的流通，并保持菇房内的空气干燥。因此，在制冷形式上只能选用风冷式制冷。
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