①丙酮酸的彻底氧化分解属于有氧呼吸的第二个阶段，丙酮酸经过一系列的反应，分解成二氧化碳和氢，同时释放出少量的能量．这个阶段是在线粒体基质中进行的，这个过程是在线粒体里进行的，符合题意；
②各种消化酶属于蛋白质，蛋白质的合成是在核糖体上进行的，符合题意；
③谷氨酸棒状杆菌属于原核生物没有线粒体，只能通过有氧呼吸酶在细胞质中进行有氧呼吸，这个过程不是在细胞器中进行的，不符合题意；
④二氧化碳的固定发生在光合作用是暗反应阶段，发生在叶绿体的基质中，这个过程是在细胞器中进行的，符合题意．
故选：C．
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