共有8博士生院（Ecole Doctorale）（里昂大学博士生院），均隶属于法国高等教育和科研部 。博士课程在里昂大学博士生院内完成，博士生毕业时须完成论文及通过答辩，经博士生院批准后，获得法国国家博士文凭或博士学位。
里昂化学博士生院
电子、电气及自动化博士生院
生物进化、生态系统、微生物及模拟博士生院
卫生与交叉科学博士生院
信息科学与数学博士生院
里昂材料学博士生院
力学、工程科学、土木工程及声学博士生院
社会和政治学博士生院
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