1.稽查局
组织落实税务稽查法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体实施办法；组织、协调、督办税收违法案件的查处；受理税收违法案件的举报，办理重大税收违法案件的立案和调查的有关事项并提出审理意见；牵头组织实施税收专项检查和税收专项整治工作；协调公安、检察、审判机关处理税务稽查有关工作；指导、协调税务稽查工作。
稽查局设9个内设机构(正科级)：综合科、综合选案科、检查一科、检查二科、检查三科、检查四科、案件审理科、案件执行科和举报中心。
2.直属税务分局
承担省属在杭的金融、保险、证券以及电力、石油、石化、高速公路等七大行业的国税税收业务和征收管理工作。
直属税务分局设6个内设机构（正科级）。
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