公务员回避制度中的同一机关指的是什么？

指的是有直接上下级领导关系；直接上下级领导关系。

《公务员回避规定（试行）》（中组发〔2011〕31号）
第五条 公务员凡有下列亲属关系的，不得在同一机关担任双方直接隶属于同一领导人员的职务或者有直接上下级领导关系的职务，也不得在其中一方担任领导职务的机关从事组织、人事、纪检、监察、审计和财务工作。
（一）夫妻关系；
（二）直系血亲关系，包括祖父母、外祖父母、父母、子女、孙子女、外孙子女；
（三）三代以内旁系血亲关系，包括伯叔姑舅姨、兄弟姐妹、堂兄弟姐妹、表兄弟姐妹、侄子女、甥子女；
（四）近姻亲关系，包括配偶的父母、配偶的兄弟姐妹及其配偶、子女的配偶及子女配偶的父母、三代以内旁系血亲的配偶。
本规定所指直接隶属，是指具有直接上下级领导关系；同一领导人员，包括同一级领导班子成员；直接上下级领导关系，包括上一级正副职与下一级正副职之间的领导关系。

公务员回避制度 分为，任职回避，公务回避，地域回避。

我想你说的同一机关应该是指的任职回避里，夫妻，三代以内旁系血亲，直系亲属，近姻亲，在任职的时候，不能同隶属于一个上级。或者不能其中一个是领导者，一个是其直接领导的下级。

夫妻，三代以内旁系学琴，直系亲属，近姻亲，在任职的时候，不能同隶属于一个上级。或者不能其中一个是领导者，一个是其直接领导的下级。

《中华人民共和国公务员法》规定，公务员之间有夫妻关系、直系血亲关系、三代以内旁系血亲以及近姻亲关系的，不得在同一机关担任双方直接隶属于同一领导人员的职务或者有直接上下级领导关系的职务，也不得在其中一方担任领导职务的机关从事组织、人事、纪检、监察、审计和财务工作。
因此，一对夫妇可以在同一机关工作，只要两人不是归同一个领导直接管，或两人之间存在直接管理的关系，或一方是机关领导，另一方是干组织、人事、纪检、监察、审计和财务工作的。