A、两者都能产生ATP，但最初的能量来源不同，线粒体的能量来源于有机物中稳定化学能，叶绿体的能量来源于光能，A正确；B、两者都有内膜和外膜，叶绿体基质中一般还有基粒，B正确；C、叶绿体和线粒体都含有双层膜、DNA和酶，叶绿体还含有色素，C正确；D、需氧型的细菌没有线粒体，植物的根尖细胞没有叶绿体，D错误．故选：D．
