真菌类
存在种类庞大且多样。人类仅了解当中极少部分真菌类的作用，其他的几乎不清楚。
放线菌类
具有分解霉菌等有机物的能力。多半属于制造抗生物质的菌类，有抑制病原菌的作用。
丝状真菌类
也就是种类超过10万种的霉菌。已知极少部分的丝状真菌是导致蔬菜生病的病原菌。
藻类
除了水中之外，有许多种藻类也存在在土壤中。有些藻类会吸收空气中的氮。
蚯蚓
蚯蚓能吃下含有腐殖质的土壤然后排泄出来，是耕土促使土壤团粒化的帮手。
蜱螨类
小于1MM的土壤动物。土壤列存在许多会捕食、会寄生的蜱螨类。
原虫类
移动捕食并且分解有机物的单细胞原生动物，，草履虫、眼虫藻等的伙伴。
线虫类
小于数毫米的微小土壤动物。种类很多，寄生在蔬菜根的仅仅是很少一部分。
甲螨
0.2~1.5mm的小型草食性土壤动物，也是土壤里最多的土壤动物。通过分解落叶为生。
跳虫类
小于数毫米的土壤动物，分解霉菌、藻类为生。被称为“大地的浮游生物”，是物质循环的重要角色。
细菌，真菌，食腐类动物，各种种子
还有病毒
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