农产品加工企业需要缴纳的税种主要有：
1，增值税，税率17%。如果加工后的产品仍然属于初级农产品，税率11%。如果是小规模纳税人，征收率3%。
2，附加税费，是以实际缴纳的增值税额和消费税额为计税依据征收的，包括：
（1）城市建设维护税，不同地域的税率为：城市，7%；县城镇，5%；乡村1%。
（2）教育费附加，费率3%
（3）地方教育费附加，费率2%
3，企业所得税，税率25%。小微企业20%。符合条件的小微企业应纳税所得额减半计算。
你企业的增值税征收率为13％，不管你企业取得是17％的还是13％、7％（运费）或者3％税率的进项税发票，只要符合抵扣条件都是可以抵扣的。
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