因为这个可以设置的，你可能设置到了。
首先点击电脑工具栏拖盘旺旺头像按钮，打开系统设置选项。
点击聊天设置——消息提醒——把收到即时消息时，浮出消息提醒勾去掉即可，不要打勾就对了。
阿里旺旺是阿里巴巴旗下的一款免费网上商务沟通软件/聊天工具，是淘宝旺旺与阿里巴巴贸易通整合在一起的一个品牌。可以帮助商家找客户，与买家沟通，发布、管理商业信息，及时把握商机，随时洽谈做生意等。
阿里旺旺分为淘宝版、贸易通版和口碑网版三个版本，这三个版本之间支持用户互通交流，但是，如果想同时使用与淘宝网站和阿里巴巴中文站相关的功能，需要同时启动淘宝版与贸易通版。贸易通帐号需登录贸易通版本阿里旺旺，淘宝帐号需登录淘宝版本阿里旺旺，口碑网对应登陆口碑版的阿里旺旺。
以前贸易通的升级为阿里旺旺贸易通版版本后，在原来贸易通的基础上，新增了群、和阿里旺旺口碑版、淘宝版用户互通聊天、动态表情、截屏发图等新功能，贸易通用户可以用原来的用户名直接登录使用。
这个是你设置了自动新消息弹出，自己检查下那些软件设置了自动弹出消息，还有自动弹出的广告也是弹出后就在首页
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