北京协和医学院是985、211。但只是部分进入“211工程”和“985工程”平台建设行列。
北京协和医学院与清华大学于2006年9月起开展合作办学，可同时使用“北京协和医学院——清华大学医学部”作为第二名称，并依托清华大学。
2007年5月18日，根据教育部、卫生部共建协议《中国协和医科大学和清华大学关于落实两部协议的实施意见》，教育部《关于中国协和医科大学更名的通知》以及《国家事业单位登记管理局事业单位登记管理暂行条例实施细则》，中国协和医科大学正式更名为“北京协和医学院”。
鉴于与清华大学合作办学需要，有时使用“北京协和医学院—清华大学医学部”这一的名称。更名后，北京协和医学院仍为独立法人单位，原隶属关系、人员编制、资产关系和经费管理体制保持不变。
2012年9月，首批入选国家级大学生创新创业训练计划。11月，入选教育部、卫生部第一批“卓越医生教育培养计划”项目试点高校。
2017年9月，北京协和医学院入选国家首批世界一流学科建设高校名单。2018年11月，北京协和医学院等9所“双一流”建设高校联合组建了医学“双一流”建设联盟。
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