个人倾向是明军,明朝几乎打败了所有的对手。蒙古,日本,缅甸,葡萄牙,荷兰。御驾亲征的皇帝就有四位,守京城一战的有两位。这在中国历史上都是罕见的。清军能败明军主要是明朝的经济垮了,在加上天灾。被李自成抄了后路,清军捡了便宜
后期肯定是清军了,但明军也不是打不过,只是出现了内忧李自成,同时用兵方略不对,清兵无非作战骁勇,骑术精湛,但毕竟少数民族,发展有限,能够坚守锦州,东北必然无忧,可惜李自成打进了北京,吴三桂降了后金。
入关清军的很多组成部分,其实就是明军精锐,清军的军服就是明朝军服改的,因为明朝有发髻,所以帽子高,清朝没发髻,所以跟日本一样,是草帽类造型,号衣也是明朝原创的,目的是为了偷工减料交差……
但就历史进程而言,清朝乾隆年间击败准噶尔的兵力很强,是准噶尔帮忙练出来的兵,装备了大量土菲客式滑膛木仓(并非明朝的日本轻型火绳木仓)与野战炮、小型迫击炮(翻译过来就是这样的)。但很快战斗力就极致下滑。
接着,洋务派靠买买买,组建了一支近代化军队,部分军队战斗力很强,比如聂士成将军部。还有一些类似团练的军队,战斗力也很强,比如冯子材将军的萃军,的确正面击溃了普法战争后的法军。
最后,清朝组建的新军,无疑是近代化军队,后来军阀混战,军阀就以这些清末新军扩编。
显然清军更强啊,因为你没说是那个王朝时期的,清朝后期袁世凯的新军可以吊打明朝各个时期的明军,就这么简单。