其实这二者的选择的主动权是掌握在纳税人方。
因为根据《国家税务总局关于个人住房转让所得征收个人所得税有关问题的通知》（国税发【2006】108号文件政策中规定：
1、按交易差价的20%收取的条件：纳税人可提供原购房合同、发票等有效凭证时（包括购房发票、办房产证和土地使用证过程中缴纳的税金及费用、房屋装修费用等）。
2、按交易总额的1%收取的情况。纳税人未提供完整、准确的房屋原值凭证，不能正确计算房屋原值和应纳税额的，税务机关可住房转让收入的1%核定征收。
所以当纳税人认为按差额缴纳对纳税人更的利，那么就提供完整相应材料；认为按总额1%缴纳对纳税人更有利的，则就说提供不出相应的材料。
看价差是否合理，一般情况从高征收。看下相关制度便知。
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