首先，去除菌体和残余的发酵液，一般高速离心就可以，5000r/min离心1min.取上清。此部要根据蛋白质的特点来做。若果蛋白酶是在细胞内那么要先破碎细胞，如果该酶的分子量过大，那么要减小离心转速。
其次，蛋白酶溶液中根据酶的性质，处理纯化或提取。常用方法是有机溶剂提取法，阴、阳离子交换柱层析发，液相色谱法等。这要根据蛋白质的性质，是否带电荷带什么电荷等。
关于酶活，应该每一步都要测定酶活，可用该酶分解蛋白质的特点，看一定的酶量在单位时间里分解蛋白的量，如果有特殊吸收峰的话可用紫外分光光度计测吸光度。
表达量，一般定量表达，常用方法是基因水平Realtime-PCR，蛋白水平，westen-blot法。也可参考其他相关文献的方法。
首先，你必须确定目标蛋白的表达在细胞外或细胞内的细胞外，通过离心收集发酵液中收集细胞，细胞内细菌破碎的物理和化学方法，如冻 - 融，机械破碎，使用溶菌酶。后纯化所需的色谱。
首先要分离这个蛋白酶，这个你要了解该蛋白的性质，
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