对方起诉你自然要应诉，就根据原来你说的和你胜诉的相关裁定上的理由继续讲就行。
判决下来，生效后你就向法院申请强制执行，单位的钱一般都能强制执行到的。
二审判决后，公司再不履行判决，您申请执行即可
中华人民共和国民事诉讼法
第二百三十六条发生法律效力的民事判决、裁定，当事人必须履行。一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行，也可以由审判员移送执行员执行。
调解书和其他应当由人民法院执行的法律文书，当事人必须履行。一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行。
第二百三十九条 申请执行的期间为二年。申请执行时效的中止、中断，适用法律有关诉讼时效中止、中断的规定。
前款规定的期间，从法律文书规定履行期间的最后一日起计算；法律文书规定分期履行的，从规定的每次履行期间的最后一日起计算；法律文书未规定履行期间的，从法律文书生效之日起计算。
对方应该是上诉到中级人民法院二审吧，你既然前2次都赢了，那你二审的时候只要积极应诉就可以了。一旦判决维持原判而对方不自觉履行的，你可以申请强制执行，既然是中科院，不用担心他们不给钱，法院可以直接从他们的银行账户上划款的。
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