超出的9000元应退回甲企业，不属于国家赔偿范围。国家赔偿是对国家机关对当事人造成损失无法挽回时的一种补偿。而经济处罚是可以退还给当事企业的，故不在国家赔偿之列。
在国家要赔偿的范围只有《国家赔偿法》第五条规定的五种情况，而这行政机关的行为明显的不是这五种情况的一种，所以国家不承担赔偿责任。但是对于超出的九千元可以要求做出行政行为的机关返还。
