原因特别简单，那就是秦孝公在临终之前说了四个字：欲传商鞅。所以即使秦惠文王是个心胸再开阔的人，有个人这么明白的可能要抢了自己的王位，那么肯定要把商鞅杀了啊！秦孝公一直致力于改革，因为当时在中原地区秦国算是比较弱的一个小国，别的国家甚至都不屑于与秦国并肩，秦孝公是一个非常上进的君主，他觉得秦国要在自己手上发扬光大才好，所以就广招天下贤士进行改革。看到秦孝公广大贤士，于是商鞅就准备辅佐秦孝公，秦孝公也一眼看出了商鞅确实是匹千里马，所以就放心大胆的让他在秦国进行改革。
“千里马常有，而伯乐不常有”商鞅其实是幸运的，因为他这批千里马确实遇到了秦孝公这么一位伯乐。商鞅变法的主要内容大致有：在一定程度上承认土地的私有化，加强中央集权，取消一些贵族的特权，奖励那些有军功的平民，估计商鞅也不会想到自己变法中的内容有的竟然会置自己于死地。
商鞅变法的这些内容涉及了政治，军事，经济等各个方面。商鞅变法确实使秦国变得强大起来，所以秦孝公器重商鞅也不为过。经过一系列的改革之前那些不屑于与秦国为伍的诸侯国竟然需要秦国带领自己参见周天子，这样的变化真的都是商鞅的功劳。
其实秦惠文王也知道商鞅是个人才，但是秦孝公临死前竟然想传位于商鞅，这件事真的细思极恐，外一哪一天商鞅借着这一句话造反，那么自己可能就会被动了。于是秦惠文王就先下手为强，以谋反的罪名清算了大功臣商鞅。
秦孝公临死前留的旨意就是让商鞅制定的刑罚继续使用下去，所以这让很多人不满，所以商鞅就成了国人的出气筒，商鞅必死无疑。
因为秦孝公临死前所留的一道旨的目的就是为了赐死商鞅，因为他看不惯商鞅，觉得他的死与商鞅有关。
因为他所留的圣旨，意思是让商鞅变法，然后商鞅被奸臣所陷害，所以他最后死了。
因为旨意中的大体意思就是杀了商鞅，他拍商鞅会谋权篡位，设计他
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