要正确诊断MALT淋巴瘤,血液病理学专家要根据特征的小淋巴细胞浸润,该小淋巴细胞为单克隆B细胞而且CD5阴性。在某些病例,可以转变为弥漫大B细胞淋巴瘤,两者诊断都需要做活检。鉴别诊断包括良性结外器官淋巴细胞浸润和其他小细胞B细胞淋巴瘤。