两者实际是一回事。前者在2015.10.1《食品经营许可管理办法》颁布实施前，成为食品流通许可证，颁布实施后，食品流通许可证改为食品经营许可证，都是在当地食药部门办理。原证书有效的继续使用，到期后直接换为食品经营许可证。
