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1、剧场版第3集：《世纪末的魔术师》
《名侦探柯南：世纪末的魔术师》是日本东宝公司于1999年4月17日出品的一部动画电影。该片是《名侦探柯南剧场版》的第三部。该片主要围绕着罗马诺夫王朝的秘宝“记忆彩蛋”意外的在日本发现，柯南与老对手怪盗基德、以及神秘第三方之间对彩蛋展开的争夺战。
2、剧场版第4集：《瞳孔中的暗杀者》
《名侦探柯南：瞳孔中的暗杀者》是由儿玉兼嗣执导，高山南、山崎和佳奈、神谷明等人参与配音的动画电影。影片讲述了专针对警察的连续杀人案件发生了，已经连续两位东京警视厅的现任刑事惨遭杀害，而遇害的两位刑事都手握警察手册气绝身亡。
这意味着什么，是对付警察的恐怖行为、或是过激派的暴行。警视厅正对此凶杀案件有关的人事物及警察组织内部着手进行搜查。 而警视厅的内部秘密却如高墙般难以窥探。柯南与毛利小五郎前往警视厅向目暮警官、白鸟警官查询有关杀人事件的情报，但他们却意外地守口如瓶...
3、剧场版第5集：《通往天国的倒计时》
《名侦探柯南：通往天国的倒计时》是由儿玉兼嗣执导，高山南、山崎和佳奈、神谷明等人担任主要配音的动画电影。主要讲述柯南一行人在露营的回家途中顺道参观一座位于西多摩市境内即将在近期完成的全日本最高双塔摩天大楼。
而这摩天大楼的拥有者同时也邀请了小五郎与小兰前来参加开幕典礼，因而与柯南一行人偶然巧遇。一行人在秘书的带领之下参观了这座两栋几乎一模一样的最尖端高科技双塔摩天大楼。
4、剧场版第6集：《贝克街的亡灵》
《名侦探柯南：贝克街的亡灵》是根据日本漫画家青山刚昌创作的漫画《名侦探柯南》改编的系列动画电影的第6部作品。故事讲述在信息技术行业的帝王托马斯·辛德勒的基础上，开发了人工智能程序“诺亚方舟”的10岁天才少年弘树离奇自杀。
2年后，辛德勒公司发表了使用了最新的虚拟现实技术的前所未有的游戏“茧”。这是可支配五感，体验就像现实中事情的虚拟体感游戏。柯南、小兰和少年侦探团一起，前往发布会。在那里也出现了与这部游戏开发有关系的新一父亲——优作的身影
5、剧场版第7集：《迷宫的十字路口》
《名侦探柯南：迷宫的十字路》是《名侦探柯南》的第7部剧场版动画，由儿玉兼嗣执导，高山南、山崎和佳奈等人配音，影片讲述在东京、大阪和京都三地发生了杀人事件，死者每人手中的《义经记》都被凶手夺走，接着，柯南等人由于一尊佛像被偷而受邀前往京都解谜，并在那碰到了同目的另外也寻找初恋情人的平次。 在稠密的京都十字路口，隐藏于历史阴影的谜题即将揭开。
6、剧场版第8集：《银翅膀的魔术师》
《名侦探柯南：银翼的魔术师》是由日本东宝公司于2004年4月17日推出的动画电影，该片是《柯南剧场版》的第八部。该片主要讲述了柯南与基德在争夺宝石戒指的过程中，解决了飞机上的杀人事件，并与基德携手从坠机危机中逃生的故事。
7、剧场版第9集：《水平线上的阴谋》
《名侦探柯南：水平线上的阴谋》（名探侦コナン 水平线上の阴谋）是由日本东宝电影公司于2005年4月9日推出的一部侦探类动画电影。该片是《柯南剧场版》的第九部。影片以一艘承载了600名乘客和船员的大型豪华客轮为舞台，讲述了柯南与小五郎联手解决船上的杀人事件，并解救大家逃离沉船危机的故事。
8、剧场版第10集：《侦探们的镇魂歌》
《名侦探柯南：侦探们的镇魂歌》是由日本TMS公司制作，并由日本东宝公司于2006年4月15日发行的一部动画电影。该片主要讲述毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。
小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题就要有人死亡的故事。
9、剧场版第11集：《绀碧之棺》
《名侦探柯南：绀碧之棺》是由日本东宝公司于2007年4月21日发行的日本动画电影。该片是《名侦探柯南》剧场版的第11部。影片讲述了柯南等人来到了一个小岛，围绕着由300年前两位女海盗留下的宝藏传说和海底宫殿中发生的冒险故事。
3：世纪末的魔术师
4：瞳孔中的暗杀者
5：通往天国的倒计时
6：贝克街的亡灵
7：迷宫的十字路口
8：银翅膀的魔术师
9：水平线上的阴谋
10：侦探们的镇魂歌
11：绀碧之棺
也就是说正片中自从哀来到柯南他们班之后就全部都有
M3 世纪末的魔术师 1999
M4 瞳孔中的暗杀者 2000
M5 通往天国的倒数计时 2001
M6 贝克街的亡灵 2002
M7 迷宫的十字路 2003
M8 银翼的魔术师 2004
M9 水平线上的阴谋 2005
M10 侦探们的镇魂歌 2006
M11 柑碧之棺（又名：深蓝的海盗旗） 2007
M12 战栗的乐谱 2008（暂未公映，定于2008年4月19日星期六在日本公映）
3：世纪末的魔术师
4：瞳孔中的暗杀者
5：通往天国的倒计时
6：贝克街的亡灵
7：迷宫的十字路口
8：银翅膀的魔术师
9：水平线上的阴谋
10：侦探们的镇魂歌
11：绀碧之棺
第三个往后 都有出现 其中通往天国的倒计时里出场最突出 = =
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