生态系统中的物质和能量是沿着食物链和食物网流动的，物质是指能和无机自然界进行循环往复利用的有机物和无机物（主要是有机物）。在生态系统中，能量流动和物质循环是紧密地结合在一起同时进行的。
生态系统中生物之间的最重要联系是通过食物链和食物网联成一个整体，所以食物链和食物网是生态系统中能量流动和物质循环的主渠道。
其中能量是指各种与生命活动有关的能量形式，如:太阳能，化学能等而物质则是指各种元素物质。
在生态系统中，组成生物体的C、H、O、N、P、S等化学元素，不断进行着从无机环境到生物群落，又从生物群落回到无机环境的循环过程，这就是生态系统的物质循环。这里所说的生态系统，指的是地球上最大的生态系统——生物圈，其中的物质循环带有全球性，所以又叫生物地球化学循环。
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