股份转让是股东之间的事情，无论价格是多少，跟公司都没有关系，公司只需要确认股东的身份就可以了。所以把实收资本里的人名调整了就可以，那50万是给B的，不是进公司的钱，也不用做分录。
根据你的描述，变更工商登记时，应该没有变更注册资金。故增值的50万对公司没有任何影响，如果是公司有垫资情况，则作为代收代付处理即可。
