三大主要特点:1.母系遗传;2.独立的核外遗传密码;3.进化速率快。线粒体DNA为母性遗传,不遵守孟德尔遗传定律,具有可溯源性。且突变率适中,具有一定多态性,可作为标记基因使用。线粒体DNA通常是裸露的不与组蛋白结合,而核DNA与组蛋白结合成核小体。线粒体DNA主要编码线粒体的tRNA rRNA及一些线粒体蛋白质。线粒体DNA是一条双链环状DNA分子。核DNA多为双螺旋结构。人类线粒体基因组编码了37个基因。线粒体DNA复制方式为D环复制。线粒体DNA为母系遗传,因为精子在进入卵子的时候线粒体、鞭毛被降解。