《水经注》对动植物地理也有许多记载。全书记载的植物达140余种，包括在我国常见的温带亚热带的森林，也有西北干旱地区的草原、荒漠植被，还记载了我国南方和现在中南半岛的热带森林自然景观。
《水经注》记载的动物有许多已在我国绝迹或在分布上有很大变化，使我们更便于研究古今动物地理分布的变迁。
如《水经注》中记载了一种称为“水虎”的动物，就是今天的扬子鳄，当时还可在今汉水中看到，可现在的扬子鳄只有在长江下游的少数地方还有少量分布。扬子鳄分布地区呈现出逐渐退缩的状况，数量也大减，因此我们就更要保护它了。
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