现在的中小学学籍都是全国联网管理，每生一籍。L开头的学籍号是临时学籍号，过渡时期使用，G开头的是正式全国学籍号，但是不管怎么样都只对应一个身份证号。换句话说，一个身份证号码只对应一个学籍号。多余的号码会在随后发布的问题学籍中进行处理。你如果是这样，也就会迟早被发现，然后处理的。建议你保留G开头的学籍号。
去当地的教育局查一下。看你儿子具体在哪个年级。再找你儿子上的学校。开个证明，你儿子在班级的。然后再去教育局删除一下。
