土壤呼吸是主要是微生物活动，有机质矿化不仅包括生物化学过程，还有纯化学过程的有机碳向CO2转化。但是，二者有相似之处，有机质矿化主要是通过微生物的呼吸实现的，在正常的土壤环境中，土壤呼吸是有机质矿化最主要的途径。
