a公司帮b公司代理进口，让c公司为此批货物报关报检，海关打出关税是a公司与b公司，c公司如何与b公司结算。

你应该是没搞清楚报关的费用结构。
你所说的A公司应该是外贸公司或者货代吧，B公司是你们公司，没有进出口经营权才委托A公司，C公司应该就是报关行了。
这样你们进口的费用就包括：
1.关税增值税----海关收取，有税单入账，不知道你们公司和A公司的代理协议是怎么签的，不过将来如a公司追究此款，必须要提供税单正本不是？（已经在你们那里了），没有这个税单正本，他们没法追究。
2.报关行费用：报关服务费，由报关行开具服务发票（包括报关和报检服务费）。
3.检疫费：由商检局收取，出具检疫发票。
4.码头、进口提单换单费用：船公司出具发票。
5.拖车费用：由拖车公司出具的内陆运输发票，可以抵扣的。
6.A公司代理费用：A公司发票
报关行是A公司指定的委托报关公司，如果你们和A公司协议有包括报关费用，那就是你们付给A公司，由A公司开发票（报关行向A公司收报关费用），不然由报关行开（向你们收）。

海关开的税单 是双抬头的 所以2个抬头的公司都有权利把这个税单入账 做抵扣的
另外 关税发票不能抵扣， 只增值税可以做抵扣
其实你的代理公司这些都应该很清楚的。。。如果还要你自己来问的话他就太不专业了
呵呵

如果是代理付税，那就是b公司根据税单付钱给c，由c去与海关结算。
最简单就是a直接与c结算（开盘付款），b与a结算即可。

C得给B开发票啊，要不费用咋给啊
或者C给A开发票，A向B收取代收费用。