简单地说：组织入党是形式，是一时的事，而思想入党是根本，是一辈子的事。
组织上入党是指从入党程序上入党，也就是支部党员大会讨论通过，接收你为预备党员之日起就是你的入党时间。但思想上入党，是指在支部大会接收你为预备党员后，自己从思想内部深入，对党有一个正确的认识，从思想上达到了一个合格党员的标准。所以说组织上入党是基础，思想上入党是最终的目标。
