密码子只是控制翻译的，对你做PCR扩增没有任何影响。所以你尽管设计引物。但是如果有这么多的终止密码子，要么就是测序有误，要么就是该基因产物不是mRNA，没有最终的蛋白产物。最好自己测序核实以下再做下一步的实验。还有就是看看是不是再阅读框内，测序而又没有漏了一个碱基? 一定要看测序结果的原图，而不只看序列。
终止密码子的作用是终止氨基酸的编码吧，与用引物扩增片段关系不大
在不在读框里面？
