已经报道的能降解农药的微生物有细菌、真菌、放线菌、藻类等,大部分都来自于土壤的微生物。
(1)细菌
能降解农药的细菌种类很多,例如假单孢菌属、产碱杆菌属、黄杆菌属、链球菌属、短杆菌属、硫杆菌属、八叠球菌属等。
(2)真菌
降解农药的真菌有曲霉属、青霉属、根霉属、镰刀菌属、交链菌属、头孢菌属、毛霉属、胶霉属、链孢霉属、根霉菌属等。
(3)放线菌
放线菌作为土壤中一大类微生物,所发现的降解微生物较少。放线菌降解农药的有链霉菌素、诺卡菌属、放线菌属、高温放线菌属等。
对土壤中农药有降解作用的微生物,主要以细菌和真菌为主,并且细菌多于真菌。所发现的降解农药的放线菌的种类较少。而有的菌种能同时降解多种农药,典型代表为假单孢菌和芽孢杆菌等。有的不直接降解农药,而是通过共代谢作用实现降解过程。细菌中主要的降解菌为假单孢菌、黄杆菌、无色杆菌、产碱杆菌、芽孢杆菌等,真菌主要是霉菌,这些环境微生物对农药降解具有广谱活性,可降解多种农药,是构建工程菌较好的微生物种源。另外,微生物降解活性与农药性质有关。对于高毒高残留农药如有机氯类和有机磷类,能降解的微生物种类相对较多。而近几年,使用较多的拟除虫菊酯类和氨基甲酸酯类农药,其降解微生物的研究和报道相对较少,这可能与其高效低残留性有关。