1、特征不同
脊索动物其共同特征是在其个体发育全过程或某一时期具有脊索、背神经管和鳃裂（即脊索动物门的三大特征）。
无脊椎动物是背侧没有脊柱的动物，它们是动物的原始形式。
2、范围不同
脊索动物：尾索动物亚门，如异体住囊虫、柄海鞘。头索动物亚门，如文昌鱼；脊椎动物亚门，为此门最重要和最多的类群，包括圆口纲、软骨鱼纲、硬骨鱼纲、两栖纲、爬行纲、鸟纲和哺乳纲。
无脊椎动物包括原生动物、棘皮动物、软体动物、扁形动物、环节动物、腔肠动物、节肢动物、线形动物等。
扩展资料：
脊椎动物亚门：
（1）圆口纲（Cyclostomata）：无颌，又称无颌类（Agnatha）；无成对附肢。脊索终生存在，并出现雏形脊椎骨。
（2）甲胄鱼纲：无颌，又称无颌类（Agnatha），出现成对的鳍。脊索终身存在，并出现雏形脊椎骨。
（3）盾皮鱼纲：出现下颌骨，体表拥有骨板。
（4）软骨鱼纲（Chondrichthyes）体被盾鳞，鳃裂直接开口于体外。
（5）辐鳍鱼纲（Osteichthyes）骨骼大多为硬骨，体被硬鳞、圆鳞或栉鳞，鳃裂不直接开口于体表。
（6）棘鱼纲：背鳍、胸鳍、腹鳍和臀鳍的前端有硬棘。形体似鲨，歪形尾；胸、腹鳍发育完全，但鳍条不发育，在胸鳍和腹鳍之间有“额外”的偶鳍，或叫附加鳍；体被细小菱形鳞片，其结构似软骨硬鳞鱼；眼大，侧生，前位并有围眶骨。
背鳍一个或两个；有原始的颌，一个扩大的上颌骨与发育完善的下颌咬合，上颌无牙，下颌有牙；内骨骼已开始骨化。
（7）肉鳍鱼纲：拥有肉鳍，能够初步上陆地。
（8）两栖纲（Amphibia）：由水上陆的过渡种类，幼体鱼形，以鳃呼吸，成体出现5指（趾）型四肢，皮肤裸露，以肺和皮肤呼吸。与其他更高等脊椎动物共称为四足类（Tetrapoda）。
（9）爬行纲（Reptilia）：完全陆生。皮肤干燥，被以角质鳞、角质骨片或骨板。肺呼吸。胚胎发育中出现羊膜，与鸟类、哺乳类共称为羊膜类（Amniotes）。其他各纲脊椎动物称为无羊膜动物（Anomniotes）。
（10）鸟纲（Aves）：全身被羽，前肢变为翼，适应空中飞翔生活。血液循环为完全双循环，恒温，卵生。与哺乳类共称为恒温动物（Endotherm）。其他脊椎动物均为变温动物（Ectotherm）。
（11）哺乳纲（Mammalia）：体外被毛，恒温，胎生（单孔类除外），哺乳（具乳腺）。
参考资料来源：百度百科-脊索动物门
参考资料来源：百度百科-无脊椎动物
（1) 脊索 无脊椎动物缺乏脊索或脊柱等内骨骼，通常仅身体表面有几丁质等外骨骼。而高等脊索动物只在胚胎期间出现脊索，发育完全时即被分节的骨质脊柱所取代，组成脊索或脊柱等内骨骼的细胞，都能随动物体发育而不断增长。
（2）背神经管 脊索动物神经系统的中枢部分是一条位于脊索背方的神经管，由胚体背中部的外胚层下陷卷褶所形成。背神经管在高等种类中前、后分化为脑和脊髓。无脊椎动物神经系统的中枢部分为一条实性的腹神经索，位于消化道的腹面。
（3）咽鳃裂 低等脊索动物在消化道前端的咽部两侧有一系列的左右成对排列、数目不等的裂孔，直接开口于体表或以一个共同的开口间接地与外界相通，这些裂孔就是咽鳃裂。低等水栖脊索动物的鳃裂终身存在并附生着布满血管的鳃，作为呼吸器官，陆栖高等脊索动物仅在胚胎期或幼体期（如蝌蚪）具有鳃裂，随同发育成长最终完全消失。无脊椎动物的鳃不位于咽部，用作呼吸的器官有软体动物的栉鳃以及节肢动物的肢鳃、尾鳃、气管等。
（4）循环系统 心脏位于消化管腹面，多为闭管式循环（无脊椎动物：背面、多为开管式）
（5）肛后尾（无脊椎动物：肛门位于尾末端）
（6）内骨骼（中胚层、生长）——无脊椎动物：外骨骼（外胚层、不能生长、换壳）
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无脊椎动物缺乏脊索或脊柱等内骨骼，通常仅身体表面有几丁质等外骨骼。而高等脊索动物只在胚胎期间出现脊索，发育完全时即被分节的骨质脊柱所取代，组成脊索或脊柱等内骨骼的细胞，都能随动物体发育而不断增长。
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