参与果酒制作的微生物是酵母菌；参与果醋制作的微生物是醋酸菌；参与腐乳制作的微生物有多种，如青霉、酵母、曲霉、毛霉等，其中起主要是毛霉；参与泡菜制作的微生物是乳酸菌．其中酵母菌、毛霉属于真核生物，醋酸菌和乳酸菌属于原核生物．故选：B．
