A、基因重组包括非同源染色体上非等位基因的自由组合、同源染色体上非等位基因的交叉互换，其实质都是控制不同性状的非等位基因的重新组合，A正确；
B、基因突变、基因重组和染色体变异这三种变异，均是由遗传物质的改变引起，故均是可遗传变异的来源，均可为生物的进化提供原材料；这三种变异均是随机发生的，具有不定向性，B正确；
C、基因工程育种是指通过基因工程将目的基因导入待改良品种的细胞，培育获得符合要求的新品种，故其变异类型为基因重组，C正确；
D、突变包括基因突变和染色体变异，染色体变异在光学显微镜下可见，D错误．
故选：D．
内容全部来源于网络收集，如有侵权，请联系网站删除：QQ：24596024