我单位想要申请三级军工保密资格认证，请问流程怎么走？

去市经信委咨询，会告诉你详细流程。需要的资料详见《武器装备科研生产单位保密资格审查认证管理办法》以下是其中的两条。
第十一条申请保密资格的单位应当具备以下基本条件：
（一）中华人民共和国境内登记注册的企业法人或事业法人；
（二）承担或拟承担武器装备科研生产的项目或产品涉密；
（三）无外商（含港澳台）投资和雇用外籍人员，国家有特殊规定的除外；
（四）承担涉密武器装备科研生产任务的人员，应当具有中华人民共和国国籍，在中华人民共和国境内居住，与境外人员（含港澳台）无婚姻关系；
（五）有固定的科研生产和办公场所，并符合国家有关安全保密要求；
（六）1年内未发生泄密事件；
（七）无非法获取、持有国家秘密以及其他严重违法行为。
第十二条申请保密资格的单位，应当填写《武器装备科研生产单位保密资格申请书》（以下简称《申请书》），并提供以下材料：
（一）《申请书》；
（二）工商营业执照正本、副本（复印件）；
（三）组织机构代码证书（复印件）；
（四）公司章程；
（五）上一个年度财务验资报告；
（六）科研生产场所产权证书或租赁合同（复印件）；
（七）合同甲方出具的研制项目或产品的密级证明，或者合同意向单位出具的合同意向证明及密级证明；
（八）国家军工保密资格认证委要求提供的其他材料。

百度一下可以找到蛮多资料的，当地工办(国防科工办）申请

希望你们已经拿到了资格。
目前程序是要向注册地省级保密局递交申请（有个别省仍然要向工办递交）