急性期：病情较急的时候，要以控制症状、缓解痛苦为主。对以疼痛为主要表现的胃肠病，在不掩盖病情的前提下可以止痛、镇静。
慢性期：在病情进入缓慢发展期时，就应该制定比较完善的长期治疗方案，以达到根治目的。如消化性溃疡伴幽门螺旋杆菌感染者，就应以消灭幽门螺旋杆菌、促进溃疡愈合为主。
恢复期：恢复期的患者大病初愈，体质虚弱，治疗时要尽量使用一些药性温和的药物，并要注意调养，促进胃肠功能恢复，防止病情复发。
