根据住房公积金管理中心的职责和人员编制数量，住房公积金管理中心内设三个职能科：
1、综合计划科
负责制定中心的各项工作制度，负责综合性文件、报告的起草打印；负责文电的处理和上传下达，下情上报工作；负责接待信访、信息保密工作；做好工、青、妇、计划生育等方面的工作；编制住房公积金的归集、使用计划；负责内部财务管理，职称评聘和工资发放工作；负责住房公积金管理委员会决定的其他事项。
2、会计信息管理科
住房公积金全部实行电算化管理，负责记载职工住房公积金缴存、提取、使用等情况；负责编制各类会计报表；负责住房公积金的核算及保值和归还；负责查询职工住房公积金帐户内的存储余额；编制住房公积金归集使用计划执行情况的报告。
3、筹资稽核科
负责宣传住房公积金的法律法规和政策；负责住房公积金的归集、催缴和稽核工作；负责核查开户单位的住房公积金年缴存额；依据国务院《住房公积金管理条例》实行行政执法。
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