国家重点生态功能区是中华人民共和国对于优化国土资源空间格局、坚定不移地实施主体功能区制度、推进生态文明制度建设所提划定的重点区域。
2016年09月29日国务院印发《关于同意新增部分县（市、区、旗）纳入国家重点生态功能区的批复》，至此，国家重点生态功能区的县市区数量由原来的436个增加至676个，占国土面积的比例从41%提高到53%，此举将有利于进一步提高生态产品供给能力和国家生态安全保障水平河北省（22个）：灵寿县、赞皇县、青龙满族自治县、邢台县、阜平县、涞源县、易县、曲阳县、顺平县、宣化区、蔚县、阳原县、怀安县、万全区、怀来县、涿鹿县、赤城县、崇礼区、承德县、兴隆县、滦平县、宽城满族自治县。
内蒙古自治区（8个）：清水河县、固阳县、化德县、东乌珠穆沁旗、西乌珠穆沁旗、阿拉善左旗、阿拉善右旗、额济纳旗。辽宁省（4个）：新宾满族自治县、本溪满族自治县、桓仁满族自治县、宽甸满族自治县。吉林省（2个）：东昌区、集安市浙江省（11个）：淳安县、文成县、泰顺县、磐安县、常山县、开化县、龙泉市、遂昌县、云和县、庆元县、景宁畲族自治县。安徽省（9个）：黄山区、歙县、休宁县、黟县、祁门县、青阳县、泾县、绩溪县、旌德县。福建省（9个）：永泰县、泰宁县、永春县、华安县、武夷山市、屏南县、寿宁县、周宁县、柘荣县江西省（17个）：浮梁县、莲花县、芦溪县、修水县、石城县、遂川县、万安县、安福县、永新县、靖安县、铜鼓县、黎川县、南丰县、宜黄县、资溪县、广昌县、婺源县。重点生态功能区是指生态系统十分重要，关系全国或较大范围区域的生态安全，目前生态系统有所退化，需要在国土空间开发中限制进行大规模高强度工业化城镇化开发，以保持并提高生态产品供给能力的区域。
重点生态功能区属于《全国主体功能区规划》中两类“限制开发区”之一，目前已经确定25个地区，总面积约386万平方公里，占全国陆地国土面积的40.2%。国家重点生态功能区以保护和修复生态环境、提供生态产品为首要任务，因地制宜地发展不影响主体功能定位的适宜产业，引导超载人口逐步有序转移。国家重点生态功能区分为水源涵养型、水土保持型、防风固沙型和生物多样性维护型四种类型。重点生态功能区侧重对开发的限制，不是限制发展，主要限制大规模高强度的工业化城镇化开发，但允许一定程度的能源和矿产资源开发。重点生态功能区通过限制开发更好地保护这类区域的生态产品生产力，实现科学发展，这与环保部所提出的“生态功能保护区”发展方向是一致的。
国务院原则同意国家发展改革委会同有关部门提出的新增纳入国家重点生态功能区的县(市、区、旗)名单。国务院批复提出，地方各级人民政府、各有关部门要牢固树立绿色发展理念，加强生态保护和修复，根据国家重点生态功能区定位，合理调控工业化城镇化开发内容和边界，保持并提高生态产品供给能力。各有关部门要加大对国家重点生态功能区的财政、投资等政策支持力度，进一步增加相关预算规模，充分调动各地建设重点生态功能区的积极性。
指出，地方各级人民政府要严格实行重点生态功能区产业准入负面清单制度，新纳入的县(市、区、旗)要尽快制定产业准入负面清单，确保在享受财政转移支付等优惠政策的同时，严格按照主体功能区定位谋划经济社会发展。
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