国税总局2016第17号公告:第四条 纳税人跨县(市、区)提供建筑服务,按照以下规定预缴税款:(三)小规模纳税人跨县(市、区)提供建筑服务,以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额,按照3%的征收率计算应预缴税款。根据文件要求,小规模纳税人已经按照3%的税率在项目所在地税务机关全部交纳了,回注册地就不用交纳增值税了,但是所得税汇算清缴在注册地,同时应该按时申报各类报表。