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一般人常听说日本Akoya珍珠，正确来说，日本珍珠不等同于日本Akoya珍珠，日本珍珠其实也有淡水珍珠和海水珍珠之分，但只有日本海水珍珠才称之为日本AKOYA珍珠（Akoya Pearls）。日本的淡水珍珠，出产的淡水珠被称为琵琶珠，因为日本最大的湖是琵琶湖，以往珠子的质素颇高，但近来此湖的水质大受污染，并且因为中国淡水珠珍珠市场的冲击，所以琵琶珠的生产几近停顿，目前中国已成为淡水珍珠的生产大国，日本也有大量进口中国的淡水珍珠。而日本珍珠中的海水珍珠，产地主要是日本三重，雄本，爱媛县一带的濑户内海。
南洋珍珠几乎都是属于海水珍珠，南太平洋地区中包括澳洲、印尼、菲律宾、法属波利尼西亚等地，均产南洋珍珠。除了价值居高的南洋白珠外，最为特别风扉全球的要数金色南洋珍珠和大溪地珍珠（也称为黑珍珠或者黑色南洋珠）。
目前国内销售的日本珍珠几乎都是日本海水珍珠，由于南洋珍珠也是在海水里培育，从养殖环境来看，都是属于海水珍珠。由于海水珍珠和淡水珍珠的养殖不同，日本海水珍珠和南洋珍珠大部分都是很正圆的，比淡水珍珠更圆，价值更高，更迎合高端珠宝消费市场。
日本珍珠中的海水珍珠母贝主要是马氏贝，一般养殖时间3-4年，而南洋珍珠的母贝主要是金唇贝、白蝶贝和黑蝶贝，其贝体要比马氏贝大，可以养育更大的珍珠，养殖时间更长，至少需要5-6年。因此日本珍珠和南洋珍珠的区别第一在于珍珠大小的区别，一般日本珍珠的粒径范围一般在7-9mm之间，南洋珍珠的粒径一般在9mm以上，而达到13mm以上的属于珍稀收藏级别，价值更高。
由于大小规格上的差别，一般日本海水珍珠作为珍珠项链设计更受欢迎，由于其养殖环境和技术好，高品质的日本海水珍珠看上去水润感强，配衬于任何女士身上都令人为之眼前一亮。而南洋珍珠，被贵为珠宝中的皇后，直径较大，因此一般作为珍珠吊坠、耳环、戒指首饰的实际所用。当然，能匹配串成一条色泽一致的南洋珍珠项链，非常难得，价值不菲！能佩戴的女士，非富则贵，彰显身价！
除了大小，日本珍珠和南洋珍珠的区别不同还在于颜色，日本珍珠一般以白色为主，常见有透粉的晕彩色泽，南洋珍珠除了圣洁高雅的白色外，还有富含贵族气息的金色，以及神秘魅惑的黑色系（大溪地珍珠）。其南洋珍珠的价值比日本珍珠高好几倍甚至十几倍。表皮方面，日本海水珍珠多见轻微的生长纹理瑕疵，即使是最品质高的也不会完全没有，这个也是珍珠天然性的正常情况，无需鸡蛋里挑骨头。南洋珍珠品质好的表面相对光滑，极微瑕甚至几乎看不出什么瑕疵。因此，要区分区别日本珍珠和南洋珍珠，可以从直径大小、色泽、表皮等结合判断。当然一般正规商家也是会严格标明珍珠的品种，帮助消费者区别选购的。
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