A、并不是所有的原子都是由质子、中子和电子构成的，例如氢原子就不含有中子，故A错误；B、因为原子中质子带正电，中子不带电，电子带负电，故整个原子不显电性，故B错误；C、分子不一定比原子大，分子比构成它的原子的体积大，故C错误；D、原子的质量主要集中在原子核上，电子的质量很小，可以忽略，故D正确．故选：D．
