A、磷酸二酯键连接相邻的脱氧核糖核苷酸，A错误；B、氢键连接的是两条链之间的碱基，B错误；C、由于脱氧核糖核苷酸的排列顺序是千变万化的，因此DNA分子的一条单链中，连接相邻的碱基相邻的碱基A和T的结构不能确定，C正确；D、肽键连接的是氨基酸，D错误．故选：C．
